（一）管理不統一 存在于不同地域的水體具有各自的特征，進行水質監測需要采用不同的方式，而各地區內經濟情況、人才儲備情況不同，對水質監測站的管理方式不同，且水體通常橫跨多個省市，需要不同水質監測站進行協作，進行有序化管理，既有管理不統一會造成管理混亂。 （二）管理結構不當 在不同地域中，水質監測站隸屬與政府行政管理，因此水質監測站之間信息、數據的共享受到當地政府的限制，監測體系不獨立，管理結構僵硬，在面對新時期的網絡信息共享模式和突發性事件時顯得無所適從，往往會因管理結構不當造成信息共享不到位，導致管理混亂和反應速度降低。 （三）檢測項目不合適 不同水體中污染物及污染情況各不相同，應當根據水體實際情況進行監測項篩選，當前大多數水質監測站囿于形式，沒有建立合理的監測管理制度和監測方案，對地下水、給排水等方面未進行監測覆蓋，造成人力物力的無效浪費，影響水質監測站工作效率和結果。
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